Обновлено 05.01.2019
При попытке перевыпуска сертификатов через ФЗС возникло такое сообщение «Сертификат не найден в Подсистеме ведения реестра сертификатов ФК. Для входа можно использовать только сертификаты, выданные Удостоверяющим центром ФК и добавленные в Подсистему ВРС»
Это означает что данные по вашему сертификату не добавлены в ВРС и перевыпуск через ФЗС невозможен. Такая ошибка будет возникать при перевыпуске сертификатов до 1 декабря 2018 года. Выход такой — выпускать сертификат как при Первичном обращении (инструкция тут).